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ATIP-2004 / Colomban de Vargas Curriculum Vitae

COLOMBAN DE VARGAS


Institute of Marine and Coastal Sciences, Rutgers University

71 Dudley Road, New Brunswick, NJ 08901- 8521 USA

tel. 001 732 932-6555 poste 236 vargas@imcs.rutgers.edu

Site WWW de mon Institut : http://www.imcs.rutgers.edu/
A. Informations personnelles:

Naissance : Paris, France, 25 août 1971

Nationalité : Français, Suisse

Langues : français, anglais, allemand (couramment)
B. Etudes:

Degré Institution Domaine Année

Postdoctorat Harvard University & Ecologie moléculaire/Micropaléontologie 2002

Woods Hole Oceanographic Institution, MA, USA

Doctorat Université de Genève, Suisse Evolution moléculaire/Phylogénétique 2000

DEA Université de Genève, Suisse & Ecologie marine/Biochimie 1995 Université Française du Pacifique, Tahiti

Licence Université de Genève, Suisse Biologie 1993

Travail de Thèse : Evolution moléculaire chez les foraminifères planctoniques.

Directeur : Dr. Jan Pawlowski, Université de Genève Prof. Louisette Zaninetti, Université de Genève

Jury : Prof. Stephen R. Palumbi, Harvard University Dr. William A. Berggren, WHOI, member of the US National Academy of Sciences Prof. Roland Wernli, Université de Genève

Travail de DEA : Fixation de l’azote moléculaire par les communautés de cyanobactéries benthiques d’un lagon d’atoll (Tikehau, Polynésie Française).

Directeur : Prof. Louisette Zaninetti, Université de Genève

C. Expérience Professionnelle:


Professeur « Institute of Marine and Coastal Sciences », Rutgers University, NJ USA Depuis janvier 2003

Associé postdoctoral « Institute of Marine and Coastal Sciences », Rutgers University, NJ USA mars 2002-déc 2003

Chercheur postdoctoral « Department of Organismic and Evolutionary Biology », Harvard University, Cambridge & WHOI, MA, USA oct. 2000-mars 2002


Assistant chercheur, Département de Zoologie et Biologie Animale, Université de Genève, Suisse juin 1995-juillet 2000

Enseignant remplaçant « Collège du Renard »

Ecole publique de Genève, niveau secondaire 1990-1993
D. Domaines d’intérets scientifiques :

Evolution / Phylogénétique-Phylogénomique / Océanographie biologique / Diversité et écologie en milieu pélagique / Génétique des populations / Géobiologie / Symbiose.
E. Cours/Enseignement:

Cours donnés en tant que professeur :

« Molecular Oceanography », 5 heures par semaine, semestre du printemps ; niveau : license-maîtrise ; lieu : Rutgers University (cours n°11:628:309), date : 2003, 2004.

« Evolution in the Sea » au sein du cours « Biological Oceanography »,  5 heures par semaine, semestre du printemps ; niveau : DEUG-licence ; lieu : Rutgers University (cours n°11:628:462), date : 2003.

« Evolution in the oceanic plankton » au sein du cours « Exploration of the Oceans », 5 heures par semaine, semestre d’automne ; niveau : DEUG ; lieu : Rutgers University (cours n° 01:460:209), date : 2003.

« Paleobiogeography of the planktonic Foraminifera » au sein du cours « Studies in Micropaleontology », stage de 2 semaines ; niveau : maîtrise-DEA ; lieu : Rutgers University (cours n° 16:460:561), date : 2002.

En tant qu’assistant au professeur:

« Systématique animale », travaux pratiques sur 1 an, niveau : DEUG ; lieu : Université de Genève ; date : de 1995 à 2000.

« Biologie Marine », stage de 2 semaines ; niveau : licence ; lieu : Normandie, Luc-sur-Mer (Université de Genève; date : été 1996.

En tant que professeur remplaçant :

Latin, allemand, mathématiques, français, remplaçant régulier à l’école publique ; niveau : collège ; lieu : Genève ; date : 1990-1993.

Supervision d’étudiants :

En tant que professeur à Rutgers University (2002-2003):

Etudiant Postdoctoral: Dr. Yonathan Shaked

Etudiant en thèse: Hui Liu

Etudiant en DEA/ thèse: Miguel Jose Dias Barbosa da Frada

Etudiant en DEUG-license: Rania Scander, Riva Pogolowitz, Kimberly Rostel, Amy Birtwistle, Sonal Kothari, Glynda Doyle

Technicien : Swati Narayan Yadav

En tant qu’assistant en thèse à l’Université de Genève (1999-2000):

Etudiant en DEA: Murielle Bonzon

F. Expérience de Travail en Mer:

2003: Responsable de travail en mer à bord du RV Sultana, au large de Puerto-Rico (Laboratoire de Biologie Marine de l’île Magueyes).

2003: campagne à bord du RV Melville (SCRIPPS), entre l’Afrique du Sud et l’Australie, Océan Indien.

2001: campagne à bord du RV Roger Revelle (SCRIPPS), entre l’île de Pâques et la Nouvelle Zélande, Pacifique Sud.

2000: campagne OISO-4 à bord du Marion Dufresne (IFRTP), La Réunion, Crozet, Kerguelen, 61°S, Amsterdam, Océan Indien.

1999: séjour au “Marine Biological Laboratory”, Eilat, University of Jerusalem, Israel

1998: campagne à bord du Robert G. Sproul (SCRIPPS), Bassin de Santa-Barbara, Côte pacifique californienne USA.

1997: campagne AMT-5 à bord du RRS James Clark Ross (BAS), entre l’Angleterre et les îles Falklands, Atlantique.

1996, 1997, 1999: séjours à la Station Zoologique de Villefranche-sur-Mer, URA 671, CNRS, France, Méditerranée.

1996: séjour à la “Bermuda Biological Station for Research”, Ferry Reach, Bermuda, Atlantique

1995: séjour aux “Isla Magueyes Laboratories”, Université de Puerto-Rico, Mer des Caraibes

1994: missions sur les stations ORSTOM et EVAAM des atolls de Tikehau et Takapoto, Polynésie Française, Pacifique central.

G. Bourses - Projets:


  • CalcOBIS : the Calcareous plankton Ocean Biogeographic Information System. de Vargas C. and de Garidel-Thoron T. Un projet coopératif du nouveau programme CMarZ (Census of Marine Zooplankton) faisant partie du projet international CoML (Census of Marine Life). Soutenu par la « Sloan Fundation » ; $10,000 ; Sept. 2004 – Oct. 2005

  • ZooMAPS : Zooplankton Molecular Assessment on a Planetary Scale. Bucklin A., de Vargas C. , Wiebe P., Madin L., and Frost B. US National Science Foundation, Planetary Biodiversity Inventory, Projet n°0117977.: Co-requérant: C. de Vargas: $360,600; en cours de demande.

  • Molecular diversity Biogeography, and Species Concepts in Planktonic Foraminifera, Norris R. and de Vargas C. US National Science Foundation, Geology and Paleontology, Projet n° GG10457.01. Co-responsable : C. de Vargas: $ 265 000 pour 3 années de Recherche entre Harvard University et WHOI ; Juin 2000 – Juin 2004.

  • Diversité moléculaire, Biogéographie, et notion d’espèce chez les foraminifères planctoniques, C de Vargas. Bourse « Chercheur Avancé » du Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique ; 2 années de salaire (CHF 99,700) pour une formation postdoctorale à l’étranger (http://www.snf.ch/fr/cal/awa/awa_fel_fel_old.asp); Juin 2001.

  • Diversité moléculaire, Biogéographie, et notion d’espèce chez les foraminifères planctoniques, C de Vargas. Bourse « Chercheur Débutant » du Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique ; 1 année de salaire (CHF 37,000) pour une formation postdoctorale à l’étranger ; mai 2000

  • Bourse doctorale du Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique n° 31-39632.93 ; avril 1995 à juin 2000.

  • Bourse de voyage mise au concours par la « Bermuda Biological Station for Research (BBSR) » ; avril-mai 1996.

  • Bourse de Mission Scientifique mise au concours par l’Académie Suisse des Sciences Naturelles” (ASSN) ; décembre 1995.

  • Bourse ERASMUS pour une année de recherche dans les laboratoires de l’ORSTOM et EVAAM en Polynésie Française, Tahiti (DEA) ; 1994.

H. Services pour la communauté Scientifique

Rédactions d’arbitrage :

Manuscrits (4): Science, Proceedings of the National Academy of Sciences (USA) ; Journal of Molecular Evolution ; Molecular Biology and Evolution.

Projets Scientifiques (4): USA NSF sections : Microbial Genome Sequencing, Antarctic Biology and Medecin ; le « Natural Environment Research Council , NERC UK », le « Netherland Organisation for Scientific Research, NOW».

Invité en tant qu’expert scientifique/rapporteur/ « keynote» conférence à :

  • Responsable d’une unité dans le projet d’annotation du génome nucléaire du coccolithophore Emiliania huxleyi, Joint Genome Institute (JGI), Walnut Creek, California USA, 2004-2005.

  • Groupe de travail : « Design of Global Biodiversity Surveys, a FMAP-CMarZ worshop », Woods Hole Oceanogaphic Institution, Massachussets, Septembre 2004.

  • Co-organisateur du groupe de travail : « Census of the Marine Plankton », http://plankton.unh.edu/, University of New Hampshire, Massachussets, Mars 2004.

  • Groupe de travail/planification  « Unveiling the Ocean’s hidden majority : a road map », Monterrey Bay Aquarium Research Institute – MBARI, Californie, 2003.

  • Atelier de travail organisé par le programme international « Census of Marine Life, CoML » http://www.coml.org/, thème : développement du programme aux USA, Salem, MA, 2003.

  • Congrès international « Extant Coccolithophorid Research », INA, Crète, 2003.

  • Congrès annuel du programme de recherche EREUPT : Evolution and Radiation of Eukaryotic Phytoplankton Taxa (http://marine.rutgers.edu/ebme/html_docs/project_Biocomplex.html), Rutgers University, Décembre 2002 et 2003.

  • Réunion PICODIV (http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/PICODIV/) « Analysis of single cell in the Marine Phytoplankton » Alfred Wegener Institute AWI, Allemagne, 2002.

  • Réunion finale du programme CODENET (http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/ina/CODENET/ index.html), « Coccolithophores: from molecular processes to global impact » Ascona, Suisse, 2002.

Invité à donner des séminaires dans les Universités de Harvard (MA USA), MIT (MA USA), Princeton (NJ USA), Florida State (FSU, FL USA), Rutgers (NJ USA), Paris VI (France), Ecole Polytechnique de Zürich (ETHZ, Suisse), Genève, Puerto-Rico (UPR), etc.

I. Collaborations

Paul Falkowski, Environmental Biophysics and Molecular Ecology, IMCS, Rutgers University, NJ, USA

Steve Palumbi, Department of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, MA, USA

Jan Pawlowski & Louisette Zaninetti, Département de biologie animale, Université de Genève, Suisse

Richard D. Norris, William A. Berggren Frédéric Quillévéré, Geology and Geophysics Department, Woods Hole Oceanographic Institution, USA

Rebecca J. Gast, Biology Department, Woods Hole Oceanographic Institution, USA

Nicolas Metzl, Laboratoire de Physique et Chimie Marine, Université Pierre et Marie Curie, CNRS, France

Paul Pearson, Department of Earth Sciences, University of Bristol, UK

Hans-Ruedi KobelBrigitte Galliot, Department of Animal biology, University of Geneva, Switzerland

Sabrina Renaud, Heinz HilbrechtHans Thierstein, Geological Institute, Polytechnique School of Zürich (ETHZ) Switzerland

Colette Chevalier, Jean Febvre, Observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer, Université Paris-6 et Nice, France

Stuart Gibb, David Robins Jim Aiken Plymouth Marine Laboratory (PML), UK

Joan Bernhard Sam Bowser, University of Albany, NY, US

Peter Rona & Marie-Pierre Aubry, Geological Sciences, Rutgers University, NJ, USA

Intérêts de Recherche de Colomban de Vargas:

La biodiversité océanique planctonique est largement dominée par des organismes unicellulaires, passivement transportés dans les trois dimensions de la colonne d’eau, et se reproduisant rapidement au sein de populations énormes (10E8 à 10E14 individus). Les forces évolutives en action dans un tel écosystème sont tout à fait uniques comparées aux milieux terrestres, d’eau douce, ou marins côtiers. Or la connaissance de l’histoire naturelle des espèces planctoni­ques marines est encore très restreinte. Des questions essentielles, telles que : combien d’espèces existe-t-il dans un groupe taxonomique particulier ? comment se partagent-elles les dimensions spatio-temporelles écologiques ? et, entre les populations au sein d’une même espèce, combien d’individus voyagent-ils d’un bassin à l’autre, ou entre les hémisphères à travers les barrières de courants équatoriaux ? – ces simples questions, faisant presque partie de la culture commune pour les espèces terrestres, ont été largement évitées par les océanographes confrontés aux dimen­sions géantes de l’océan et microscopiques des organismes y vivant.

Mon intérêt scientifique général est de comprendre quels sont les rythmes et mo­des d’évolution génétique, morphologique, et écologique, des espèces du plancton océanique. Pour cadrer mes recherches dans les meilleures conditions possibles, j’ai choisi d’étudier les microorganismes planctoniques sécrétant un micro-sque­lette : test, coccosphère, thèque, frustule, respectivement pour les foraminifères, coccolithophores, dinoflagellés, et diatomées. Ces groupes présentent des avan­tages considérables pour des études en évolution: (1) les cellules sont assez volumineuses pour être analysées génétiquement et morphologiquement au niveau de l’individu ; (2) les micro-squelettes ont été conservés dans des couches sédi­mentaires d’épaisseur kilométrique depuis le Jurassique, constituant les bilans fossiles de loin les plus complets et continus dans l’histoire de la Vie. Dans mon approche scientifique, j’utilise les techniques de pointe en biologie moléculaire (séquençage d’ADN, librairie de clones, DGGE, FISH, PCR quantitative, «microarrays»), en optique (MEB, cytométrie de flux), et en chimie inorganique (analyse des isotopes et éléments rares dans les micro-squelettes) pour étudier la diversité génétique et morphologique, la phylogénie, l’écologie et la biogéogra­phie des cellules vivantes, et ensuite comparer et/ou transposer ces connais­sances acquises dans le Vivant aux données du bilan fossile.

Les groupes en question sont les champions écologiques de l’océan actuel et des océans passés depuis le Crétacé ; ils sont d’une importance capitale pour la production primaire planétaire et le fonctionnement des cycles biogéochimiques globaux (C, Si, S, etc.). Mes études visent à définir les entités génomiques de base – celles soumise à la sélection naturelle et à la dérive génétique – dans les taxa les plus importants, et comprendre quelles forces écologiques (biotiques/abiotiques) et/ou génomiques les font évoluer. L’étude moléculaire de ces groupes permet d’établir des liens uniques entre des domaines de recherches aussi vastes que la génétique, l’écologie marine, la paléoclimatologie, la paléontologie, et permettra finalement d’établir des prédictions plus réalistes quant à l’évolution future du microplancton soumis aux stress climatiques de l’Anthropocène.


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